Si chiude l'arco narrativo di Ziva David (Cote de Pablo). La rivedremo ancora? Ci sarà la tanto attesa (dai fan) riunione con Tony? Avremo il nostro lieto fine? Prima di scoprirlo c'è ancora una missione da portare a casa. Gibbs (Mark Harmon) ha comunciato a Phineas la triste notizia della morte della madre. Il ragazzino gli ha chiesto se avrebbe potuto restare con lui. Gibbs ha tenennato, «vedremo» e Phineas, ora, non si trova. E' scappato. Come comprensibile per Jethro il caso si fa terribilmente personale, l'uomo è soffocato dai sensi di colpa, non si dà pace, e coinvolge tutti nelle ricerche. Pare che Phineas abbia comprato una bicicletta da un amico e che sia diretto a Philadelphia, dove vive una sua zia. Il caso si complica quando Torres (Wilmer Valderrama), sotto copertura, si imbatte in un atroce traffico di bambini che fa capo Halabi, un terrorista che collabora con il fratello del padre biologico di Phineas. Nel frattempo, Ziva (Cote de Pablo), in partenza alla volta di Parigi dove si riunirà a Tony e alla loro figlia Tali, si prepara a dire addio ai suoi amici.