Episodio d'apertura della quarta stagione. Sono passati 4 mesi dall'attentato alla nave da guerra americana e mentre Gibbs si è ritirato in Messico, Tony è il nuovo capo della squadra. Intanto, in seguito a un attentato organizzato da un terrorista iraniano, un ex colonnello dell'esercito siriano e due agenti dell'FBI vengono uccisi. Ziva viene accusata della strage perché conosce il terrorista che era con lei al Mossad ed è costretta a nascondersi all'ambasciata israeliana. Tony, che in assenza di Gibbs guida la squadra, cerca in tutti i modi di provare l'innocenza di Ziva, ma l'unico che può aiutarla è Gibbs...