Indagando sulla scomparsa di un marine artificiere esperto anche di bombe nucleari, si scopre che negli anni precedenti sono scomparsi quasi tutti i membri della squadra nella quale operava quando era alle Filippine, molti anni prima, ma i casi sono stati tutti archiviati come diserzione e mai collegati fra loro. Un membro della squadra congedato dai marine e' stato trovato dalla polizia alcuni anni prima nelle fognature, morto e incatenato. L'unico ancora vivo e' l'attuale superiore dello scomparso, che si sospetta sia l'assassino. Mentre Tony lo pedina, viene anch'egli rapito e portato insieme allo scomparso, che e' incatenato nelle fognature in compagnia di un cadavere in avanzato stato di decomposizione. Il superiore scende nella fognatura e viene raggiunto dall'NCIS, ma si scopre che non e' il colpevole ed e' li' solo per cercarli e salvare il marine.