Un gruppo di bambini è in visita alla sede dell'NCIS. Abby invita uno di loro, Carson Taylor, a mettere la mano sul lettore di impronte digitali, per mostrare ai ragazzi il suo funzionamento. A sorpresa l'apparecchio riconosce in quelle di Carson le impronte di un bambino figlio di un uomo che risulta scomparso da tempo. Gibbs si mette subito in contatto con i genitori del piccolo e l'indagine fa emergere una tremenda verità...