C'è un sottomarino da ritrovare. E bisogna fare presto. Un peschereccio è stato colpito da un siluro, la situazione sull'intera costa è delicata e inizia a diffondersi il panico. Chi sarà il prossimo? La tecnologia del futuristico progetto di Jorge Perez rende praticamente impossibile rintracciare il sottomarino in acqua. Le indagini devono conseguentemente spostarsi su terra. E partono dal fuggitivo Nicholas Antonich, l'uomo che ha procurato i visti per gli ingegneri russi. I nostri rintracciano Nico, lo arrestano e lo mettono sotto torchio per ottenere informazioni su Perez. In seguito, Pride e Carter organizzano una trappola per riuscire a smaschere Perez e ritrovare il sottomarino, scongiurando così un disastro di dimensioni inimmaginabili. Nel frattempo, Loretta è alle prese con la terapia per curare il suo disturbo da stress post-traumatico. Infine, si scopre che Allie ha lasciato la Commissione perché è stata minacciata...