L'ingegnere Rhodes rimane ucciso in una terribile esplosione mentre si trovava a bordo di un vecchio natante della Marina, alla guida di una squadra di ricerca con il compito di sviluppare un progetto per una nuova tecnologia navale. Sospettando che a causare la detonazione possa essere stato l'operato di spie collegate a industrie straniere, Hetty mette immediatamente all'opera la squadra. Callen e Sam, sotto copertura, volano verso Tokyo...