Gavin Knowles si trova in manette dopo che, in seguito a un banale tamponamento, viene scoperto che stava trasportando una bomba chimica. Il "colpaccio" viene messo a segno dall'F.B.I. e per l'N.C.I.S. è un brutto colpo da digerire, considerando anche il fatto che Knowles è un ex marine. Tra Granger e Hetty la tensione sale. Callen e la squadra vengono mandati subito alla sede dell'F.B.I. dove incontrano l'agente speciale Jonas. Ma non riescono a fare molto. Anzi. La situazione peggiora quando i federali tengono una conferenza stampa sulle cellule terroristiche locali. Callen e i suoi masticano amaro: Knowles non può essere interrogato prima di tre settimane e nessun indizio può essere da loro essere visionato...