Penultimo episodio della prima stagione. La copertura di Callen è saltata, l'agente non può far altro che tagliare ogni contatto con l'NCIS. Dietro a tutto pare esserci un certo Eugene Keelson, che sostiene di avere raccolto informazioni sul passato di Callen. Keelson ha però una proposta da fare, darà quanto raccolto a Callen se questi accetterà di fare una consegna per lui a un gruppo di bulgari. Callen accetta, ma i destinatari, credendolo Keelson, cercano di farlo fuori. Nel frattempo, mentre Callen si trova a un bivio, diviso tra il suo passato e la sua fedeltà alla squadra, Hetty è costretta a chiedere a Eric di spengere ogni terminale dell'NCIS. Keelson, infatti, ha infettato il sistema con un virus...