Una grandinata di guai in quel di L.A.. Sam e Callen, impegnati in una missione sottocopertura in un carcere, vengono immediatamente richiamati alla sede. C'è un omicidio su cui indagare. La vittima è un appaltatore della Marina coinvolto in operazioni illegali di dati riservati e, purtroppo, si scopre che un membro della squadra potrebbe essere compromesso. Ben presto il Dipartimento della Giustizia decide di aprire un'indagine ufficiale. Nel frattempo, Hetty si trova ancora in quel di Washington. La donna viene sottoposta a una fila di domande: su tutte perché abbia scelto Kensi per la missione in Afghanistan, invece che un Seal addestrato. Ma non è solo di qualche domanda che Hetty deve preoccuparsi. Eric e Nell, infatti, scoprono che qualcuno ha pagato 250.000 dollari per scoprire dove Hetty vive. Si tratta, forse, dell'uomo, che, a Washington, sta seguendo la donna con tanto di pistola e un file su di lei?