Penultimo episodio prima del gran finale di serie (che si svilupperà su due puntate). Dopo una sparatoria che ha coinvolto alcuni agenti della CIA, colpiti a morte, Pembrook contatta Callen (Chris O'Donnell) e lo costringe a seguire le sue istruzioni, ma questo comporta tagliare ogni contatto con la squadra. Il loro sarà un incontro chiarificatore che riuscirà a svelare alcuni particolari inaspettati della vita passata di Callen e il ruolo che ha avuto Pembrook. Ma ai due danno la caccia alcuni ex-soggetti del Progetto DRONA e la loro vita è in pericolo...