Un pacco scompare da un furgone del Dipartimento di Stato. Si tratta di un carico diplomatico. Callen e Sam, che, nel frattempo, festeggiano cinque anni di lavoro insieme, interrogano i due corrieri che avevano in consegna il materiale. I due, Diane e Roger, lavorano insieme da circa 10 anni. Tra loro c'è grande affiatamento e un forte legame, se uno dei due fosse responsabile, difficilmente l'altro lo tradirebbe. Intanto, Granger (Miguel Ferrer) è di nuovo in città e si interessa subito al caso. Nel corso delle indagini si scopre che il carico constava di efedrina. Per risolvere il caso, Sam e Callen si trovano costretti a una rischiosa operazione sotto copertura.