Al via la settima stagione della serie. Callen ha imboccato una strada molto rischiosa. Si trova sotto copertura, alla ricerca di informazioni su Arkady, ma senza supporto della squadra. Sam e Hetty sono stati tenuti all'oscuro di tutto. Quando la verità viene a galla, inevitabilmente, all'interno del team, vengono a crearsi delle frizioni. Hetty teme che Callen possa mettersi in pericolo perché sembra che il suo passato non abbia alcuna intenzione di smettere di tormentarlo. Sam, da par sua, cerca di proteggere l'amico e collega, ma Callen gli rende il compito davvero molto difficile. Nel frattempo, per la gioia di molti appassionati, Deeks e Kensi si dichiarano finalmente, apertamente, amore.