Durante un attentato terroristico al Consolato americano in Tunisia viene ucciso il comandante Harris. L'N.C.I.S. viene chiamata ad affiancare l'F.B.I. nelle indagini. La puntata si apre sull'ambasciatrice, Nancy Kelly, e sul suo staff che cercano di mettersi in salvo. Tra le fila delle sue guardie del corpo c'è una vecchia conoscenza di Sam, Tom Harris, che, purtroppo non sopravvive. Nel corso di un breve briefing con l'F.B.I., la squadra viene messa al corrente del fatto che i terroristi hanno il completo controllo della struttura. Callen sa che questo porterà a una totale distruzione delle prove. Sam non può permetterlo, ma i federali chiariscono immediatamente che ogni azione di stampo militare verrà considerata illegale. Fortunatamente Callen ha un'idea migliore, che comporta un viaggio in Tunisia. Così, mentre Kensi e Deeks si occupano di interrogare il capitano Beck, diretto superiore di Harris, Callen e Sam volano sul Mediterraneo. I due, abilmente, riescono a introdursi, non visti, nell'Ambasciata e a raggiungere la stanza dove giacciono i corpi delle due vittime per repertare la scena del crimine. I terroristi li scoprono ma non prima che i nostri riescano a scappare con le preziose prove che erano andati a cercare. Sul volo di ritorno negli Stati Uniti, Sam e Callen scoprono che una fazione dei terroristi è sul punto di passare il confine tra Messico e Stati Uniti. In quel di Los Angeles, intanto, il resto della squadra comincia a nutrire dei dubbi sulla versione del capitano Beck…