La squadra indaga su un'effrazione alla sede di un'azienda che si occupa di sicurezza informatica e che fornisce firewall e antivirus anche al Dipartimento di Difesa. Se i ladri fossero entrati in possesso di dati top secret, sarebbe a rischio la sicurezza nazionale. Callen si trova fuori dai giochi quando Hetty lo informa che Joelle (Elizabeth Bogush), la donna che ha da qualche tempo iniziato a frequentare, è un testimone chiave. E Joelle, per ovvie ragioni, ignora il vero lavoro di Callen. Kensi e Deeks interrogano il capo dell'azienda e scoprono che la situazione è ben peggiore di quanto appaia. Stavano lavorando a un particolare anti-virus e, per farlo, avevano raccolto e conservato nei server tutti i virus in circolazione. E a questo miravano i ladri. A rischio, quindi, non c'è solo il Dipartimento della Difesa americano, ma il mondo intero con milioni di potenziali compratori impazienti di mettere le mani su quei virus.