Il tenente Jeff Morgan viene trovato cadavere nel suo appartamento, dopo che la moglie Alice si è data alla fuga. La vittima lavorava a un software per la condivisione tra forze armate di dati inerenti armi e munizioni. Dalle indagini dell'NCIS emerge che Morgan, oltre a picchiare la moglie, rubava esplosivi militari, per poi rivenderli a organizzazioni criminali. Intanto la madre di Deeks (interpretata dalla guest star Pamela Reed) è in visita a Los Angeles e, come sempre, porta parecchio scompiglio.