L'episodio ruota attorno a Callen in missione, sotto copertura, per smantellare il gruppo di razzisti appartenenti alla "supremazia bianca", imposessatosi di materiale nucleare. In alcuni flashback, intanto, vediamo il primo incontro tra Callen e Hetty. La puntata si apre con l'agente che, in prigione, ritrova i suoi "compagni" Jimmy Ray Eastman (Rodney Eastman) e Charlie (Sean Harmon), membri del gruppo estremista sotto il comando di Dallas Alder (Patrick Kilpatrick). Nel frattempo, alla sede dell'NCIS, l'agente speciale dell'FBI Lisa Rand (Alicia Coppola) e Owen Granger informano Sam, Deeks e Kensi che Alder ha recentemente derubato un ospedale militare, entrando in possesso di materiale radioattivo. Alder, purtroppo, è stato rilasciato proprio poco prima del trasferimento di Callen. I nostri decidono, allora, di organizzare un falso trasporto per permettere a Charlie e Jimmy Ray di scappare per riunirsi ad Alder.