Tracey Holland, ex partner di Callen ai tempi della CIA, prende in ostaggio un ufficiale della Marina per attirare l'attenzione di Callen. Tracey sostiene che ora sta lavorando sotto copertura per l'F.B.I.. La sua missione è fermare il traffico d'armi, ma molti agenti sono corrotti e qualcuno sta cercando di farla fuori. La donna sa che l'unico di cui può fidarsi è proprio Callen. Questi inizialmente non sa che pesci pigliare, considerato il fatto che l'ultima volta che ha avuto a che fare con Tracey lei l'ha quasi fatto uccidere. Sam, però, comincia a credere alla donna quando un misterioso cecchino cerca di uccidere Tracey. L'agente dell'F.B.I. White si offre di collaborare con Sam per scoprire l'identità del cecchino. Ma, considerata la situazione, di lui ci si può fidare?