Episodio conclusivo della seconda stagione della serie. Callen e la squadra rifiutano di accettare le improvvise dimissioni di Hetty senza avere una spiegazione in merito. Nel frattempo, vediamo proprio Hetty che, notte tempo, entra in una casa, a quanto pare ubicata in una città europea, e dice a due uomini, seduti a un tavolo, di avere un messaggio da riferire a Comescu. I due uomini attaccano Hetty che fa fuoco uccidendo entrambi. Al quartier generale dell'N.C.I.S., Callen è ormai giunto a una decisione: la squadra comincerà a indagare per proprio conto per cercare di scoprire se Hetty sia nei guai. I nostri si recano a casa della donna. Vi trovano tre mercenari che stanno mettendo a soqquadro l'appartamento. C'è una sparatoria. La squadra riesce a uccidere i tre, ma di Hetty nessuna traccia. In seguito, Eric e Nell identificano gli uomini che hanno ucciso. A quanto pare i tre mercenari dovevano recuperare un file contenuto in una chiave hardware. E, guarda caso, ad assoldarli è stato Comescu. Callen torna a chiedere spiegazioni a Vance e Hunter. I due capitolano, rivelando chi sia Comescu e quale legame abbia non solo con Hetty ma anche con Callen...