Callen e il team sono sulle tracce del sospetto terrorista Robert Spears insieme alla squadra rossa. Quando si scopre che il ricercato è diretto in Messico, a El Centro, Hetty affida alla squadra rossa l'incarico di rintracciarlo, mentre la squadra di Los Angeles rimane a interrogare il terrorista catturato Ari Yousef Sayed. Ben presto le piste seguite da entrambe le squadre portano a un contrabbandiere e trafficante d'armi di nome Carlos Ramirez che ha delle proprietà proprio a El Centro. Ben presto la squadra rossa trova Ramirez inizia uno scontro a fuoco che però non impedisce al terrorista di sfuggire. Quando Eric e Nell lo localizzano a Bombay Beach si recano immediatamente sul posto, ma trovano Ramirez morto, per una ferita da arma da fuoco alla testa. Hetty allora comincia a sospettare che hanno a che fare con un killer e manda Kensi e Deeks a esaminare tutti gli omicidi irrisolti che hanno coinvolto i metodi di uccisione simili. Durante le indagini sia il tema di Los Angeles che la squadra rossa trovano quello che sembra essere il killer che stanno cercando: si tratta di Louise Edwards, un killer assoldato per eliminare Spears, Santoso e Ramirez...