Dennis Calder, brillante sviluppatore di software, viene rapito pochi giorni prima di essere interrogato dalla NSA riguardo il suo eventuale coinvolgimento in un attacco al Dipartimento della Difesa. La squadra viene incaricata di rintracciarlo. Inizialmente i nostri brancolano nel buio, ma, poi, Eric scopre che qualcuno si è loggato nel sistema di sicurezza high tech della casa di Calder per osservare la sua famiglia. Si tratta di Calder o dei suoi rapitori? Kensi e Deeks vengono assegnati, sotto copertura, alla protezione della famiglia dell'uomo. Veniamo, così a sapere, che Calder era un marito e un padre assente e che suo figlio, Shawn, avrebbe fatto di tutto pur di attirare l'attenzione del genitore... Nel frattempo, Callen non riesce proprio ad accettare l'allontanamento di Hatty.