Una crittografa del Pentagono, sospettata di spionaggio, viene trovata morta. Sembrerebbe trattarsi di un suicidio, ma il team di Gibbs scopre che la donna non era sola al momento della sua morte. Iniziano le indagini su tutti i componenti dell'ufficio di cui faceva parte la crittografa, sospettati di vendere segreti militari ad una potenza straniera. È necessario che la squadra trovi altri indizi per dimostrare che, probabilmente, l'assassino della donna è anche la talpa che il Pentagono cerca.