Il maggiore McGuire viene trovato morto in un sotterraneo. Dopo alcune analisi emerge che la vittima era venuta a contatto con un un gas che l'ha fatta impazzire prima di provocarne, lentamente, la morte. Mentre tenta di risalire al colpevole, Gibbs si confronta con il Tenente Colonnello Hollis Mann e la sua squadra che stanno indagando sulla sparizione di un grande quantitativo di armi chimiche ora in mano a Mamoun Sharif, un pericoloso terrorista da tempo ricercato dalle autorità.