Un giovane marine musulmano viene assassinato vicino alla sua moschea, ma Ducky rifiuta di eseguire l'autopsia per rispettare le tradizioni religiose del padre della vittima. Il medico legale prova a seguire una strada alternativa. Intanto McGee piazza una cimice nella moschea e scopre che l'FBI sta da tempo controllando l'edificio. Un uomo di origine tedesca, in contatto con Al Qaeda, sta cercando di reclutare nuovi adepti fra i militari americani di origine islamica. Al rifiuto da parte di questi ultimi di unirsi alla guerra santa, scatta l'omicidio. Gli uomini di Gibbs cercano chi ha fornito il veleno per uccidere il marine e la persona che ha segnalato quest'ultimo al suo assassino.