Gibbs non si è presentato al lavoro. Come mai? I nostri provano a cercarlo nel solito caffé dove si reca prima di arrivare alla sede dell'N.C.I.S.. C'è la sua auto, ma di lui nessuna traccia. Grazie al GPS ritrovano il suo telefono in una casella della posta, insieme al portafogli e a tutti i suoi documenti. Nei video di sorveglianza registrati dalle telecamere della zona, si vede Gibbs avvicinarsi a un uomo, nel caffé, e poi uscire con lui. Dopo alcuni controlli, si scopre che l'uomo in questione è collegato a una missione sottocopertura che Gibbs ha svolto circa 15 anni prima. A quanto pare all'epoca l'uomo faceva parte di un gruppo armato che aveva rubato materiale nucleare in seguito mai ritrovato.