Finale di stagione. Si conclude la prima stagione della serie, terzo spinoff di N.C.I.S., già rinnovata per una seconda. Il Capitano Milius continua a collaborare con Tennant (Vanessa Lachey) e la sua squadra. Lo scambio di prigionieri si è concluso con una carneficina. Sono stati tutti uccisi, si ipotizza con il VX, agente nervino, somministrato in due momenti diversi, a terra e poi in volo tramite ossigeno in bombola. Tutti gli indizi portano al dottore presente durante lo scambio dei prigionieri, Dunne, il quale, durante l’interrogatorio, confessa di essersi incontrato con Alexi Babin, l’uomo che ha ingaggiato i Freeloff per uccidere Cartwright. Ma è davvero lui il colpevole? Nel frattempo, Whistler segue il consiglio di Ernie e decide di fare un gesto eclatante nella speranza di riconquistare Lucy.