Rachel, una bambina di dieci anni, torna a casa da un pigiama party e trova il corpo di sua madre. Suo padre è un marine americano, impegnato in missione all'estero, per questo l’NCIS è chiamato ad investigare. Mentre le indagini procedono, Rachel rivela all’NCIS che alcuni uomini erano fuori per uccidere suo padre Ryan. La squadra scopre che il marine faceva parte dell'operazione organizzata per catturare Benham Parsa e forse, per questo, il suo nome è stato trovato su una lista online, tra gli obiettivi dei jihadisti. Quando McGee va sotto copertura per risalire al proprietario del sito, si imbatte in una missione dell’agenzia ATF (Bureau of Alcohol, Tobacco, Firearms and Explosives), guidata dall’agente speciale Zoe Keates, che Tony conosce dai tempi in cui lavorava a Philidelphia. Dopo che Keats informa il team che il proprietario del sito è in prigione, si deduce che non può essere stato il gruppo jihadista ad aver ucciso la moglie del marine. Entra così in gioco George Burton, un cannibale raccapricciante che è stato uno dei clienti della vittima. Tuttavia, egli è dietro le sbarre e non aveva alcun motivo apparente di ucciderla.