Quando Zack, un bambino di sei anni, telefona all'NCIS per denunciare il rapimento di suo padre il team scopre che il capitano Tenner, il padre di Zack, stava lavorando a un progetto segreto denominato Honor ed è l'unico in posseso del codice d'accesso che apre il progetto. Mentre Gibbs sta vicino a Zack, il resto del team scopre che il progetto è stato aperto per carpirne le informazioni e poi è stato cancellato. L'uomo scomparso è innocente o è colpevole?