McGee (Sean Murray) e sua moglie Delilah (Margo Harshman) si trovano in vacanza alle Bahamas, ma spiagge, sole e relax si trasformano ben presto in una missione ad alto rischio! Tutto ha inizio con un'indagine portata avanti da Gibbs e dalla squadra. Norman Mason, ex programmatore informatico del Dipartimento della Difesa, è stato ucciso. Bishop e gli altri scoprono che un tempo la vittima era coinvolta nel progetto governativo Deep Raven, drone sottomarino ideato per la mappatura dei fondali. Non sanno però che il suo ex supervisore, il Dottor Malcolm Lucas (Robert Mailhouse), creduto morto in un incidente di barca, in realtà si nasconde alle Bahamas. Ed ecco che entrano in scena McGee e compagna. Nel frattempo, Gibbs, sulle tracce di uno scomparso Fornell, trova indizi che fanno temere il peggio...