L'NCIS interroga una donna che stava rubando i numeri di svariate carte di credito utilizzando uno scanner elettronico sulle borse o sui portafogli dei malcapitati. L'intervento della squadra è giustificato dal fatto che uno dei numeri rubati è stato segnalato dalla unità Anti-Terrorismo USA. Salta fuori che appartiene a Malachi Ben-Gion, ufficiale del Mossad agli ordini di Eli David, padre di Ziva. Vance, parlando in modo elusivo di una conferenza cui deve partecipare, incarica Gibbs di indagare sulla morte di tre contrabbandieri trovati cadaveri sulle coste della Florida. Guarda caso i tre sono strettamente collegati al motivo per cui gli agenti del Mossad si trovano in città. A quanto pare tre terroristi palestinesi hanno pagato i contrabbandieri per farsi portare da Cuba su suolo statunitense. Una volta raggiunto l'obiettivo, per cancellare ogni traccia, hanno ucciso le persone di cui si sono serviti. Gibbs scopre che i tre hanno una missione ben precisa: assassinare Eli David, direttore del Mossad, in città per presenziare proprio alla conferenza di Vance. La squadra si trova così a dover proteggere Eli David, compito non facile dopo che l'uomo non ha esitato a mandare la figlia Ziva incontro a morte certa nel deserto...