Il cadavere di La Grenouille, il trafficante di armi da tempo ricercato dalla squadra di Gibbs, viene ritrovato nel porto. Tutti gli agenti dell'N.C.I.S. sono messi sotto inchiesta. Il direttore Jenny Shepard, ritenuta la principale sospettata, viene sospesa e spetta all'agente Fornell condurre le indagini...