Nonostante la grande bellezza e la devozione, Maria Maddalena (Maria Grazia Cucinotta), una giovane contadina giudea, per via della sua sterilità, viene ripudiata dal marito Amos (Manolo Arias), un commerciante di Magdala. Offesa e addolorata, Maria è costretta a lasciare la ricca terra che aveva portato in dote, nonché l'amica Giovanna (Roberta Armani) e il piccolo Samuele (Ismail Ben Brahim). Ma l'arrivo del prefetto romano Silvano (Thure Riefenstein) le offre l'occasione per una vendetta. Sfoderando una sensualità inaspettata, Maria seduce Silvano e si fa cogliere in flagrante da Amos. In seguito la donna si allontana da Magdala insieme al prefetto romano e ai suoi legionari. Dopo qualche tempo, durante il viaggio della colonna romana verso Tiberiade, la città di Erode Antipa (Gottfried John), Maria è fortemente colpita dall'incontro con Giovanni il Battista (Benjamin Sadler) che sta predicando nel deserto. Silvano, sospettando che Giovanni il Battista possa essere un ribelle pericoloso, chiede a Maria informazioni su di lui. La donna, però, lo rassicura dicendogli che si tratta solo di un innocuo mistico. Intanto Maria, che aveva sempre creduto di essere sterile, scopre di essere incinta di Silvano. Quando la colonna romana arriva a Tiberiade, la città è in festa per l'arrivo del valoroso generale romano Vitellio (Massimo Ghini), anche se poi l'atmosfera viene turbata dall'annuncio del tetrarca Erode Antipa di ripudiare la moglie, la principessa Nabatea (Yasmine El Hafi) per una nuova consorte, Erodiade (Giuliana De Sio). In questa circostanza Maria incontra Salomè (Ambra Angiolini), l'irrequieta figlia di Erodiade. Nel frattempo Silvano è stato rimproverato dal generale Vitellio per aver sottovalutato il pericolo che deriva dalle predicazioni del Battista e, inoltre, perché si è fatto vedere in giro con una donna giudea. Così il prefetto romano sfoga la sua rabbia con Maria e la consegna alla sua legione di soldati, affinché le diano una lezione. Violentata, dolorante e piena di lividi, Maria, che in questo modo ha perso il bambino che aspettava, viene curata da un gruppo di prostitute della città che la prendono per una di loro. In seguito, in preda alla disperazione, Maria si abbandona alle onde del mare di Galilea. Viene salvata da Gesù (Danny Quinn) e dai suoi discepoli, che, trovandosi in barca, la prendono a bordo e le prestano soccorso. Dopo qualche tempo, Maria assiste ad una toccante predicazione di Gesù di fronte ad una folla in delirio ...