In questo sequel, ritornano tutti i protagonisti, ancora abbandonati sulle spiagge del Madagascar. I pinguini hanno un piano per far tornare la ciurma a New York: recuperare un vecchio aereo e farlo decollare. Il piano funziona per metà perché l’aereo decolla ma è poi costretto ad un atterraggio d’emergenza in Kenia! Ai quattro amici, l’Africa sembrerà una giostra di disavventure dove incontreranno i loro simili e la loro famiglia. A questo punto, lo zoo di Central Park rimarrà per loro solo un vago ricordo.