Si conclude dopo cinque stagioni il remake della celebre serie degli anni Ottanta. Lo show avrebbe dovuto terminare con la sesta stagione, ma CBS ha deciso di anticiparne la chiusura. Per il gran finale, come dichiarato dalla showrunner Monica Macer, si è optato per una trama in stile "The Manchurian Candidate". Per Mac, infine, potrebbe esserci anche una chiusura romantica. Ecco cosa accade. Il team scopre che Orson Marcato è dietro il furto dei nano tracker che si trovano all'interno di Mac e Riley. Durante un'indagine preliminare, Mac e Riley scompaiono per un giorno. Successivamente si trovano in un campo di mais senza alcun ricordo delle ultime 24 ore. Esercizi di memoria (e in seguito prove video) li portano a rendersi conto di essere stati oggetto di esperimenti per vedere se i nano tracker possono essere manipolati per controllare le loro azioni fisiche. L'assistente di Marcato viene catturata e interrogata e rivela che c'è il governo degli Stati Uniti è dietro gli esperimenti. Matty lo conferma durante un incontro a Washington, mentre la squadra si precipita per impedire che i nano tracker vengano spinti contro centinaia di soldati statunitensi e le loro famiglie a un raduno di Washington. Dopo aver sventato con successo questa minaccia, Bozer propone un modo per rimuovere i tracker usando ossigeno e pressione in una camera iperbarica. E' un successo e riporta Mac e Riley alla normalità. In segiuto, però, Mac si incontra con il team di Phoenix per annunciare le sue dimissioni, affermando che se il suo governo può condurre esperimenti senza permesso, non può farne parte. I suoi colleghi seguono l'esempio dimettendosi, fino a quando Russ e Matty annunciano i loro piani per rendere Phoenix un'entità completamente privata, che rifiuterà qualsiasi contratto governativo e lavorerà solo su casi di loro scelta. Questo riporta tutti all'ovile.