Chin e Kono prendono parte a un inseguimento che finisce in un incidente. I due scoprono che il guidatore, morto nell'impatto, stava trasportando una scatola contenente una testa umana. Per risolvere il caso McGarrett e la sua squadra devono prima identificare i due uomini. A quanto pare la macchina è stata rubata quella mattina stessa. Alcuni indizi portano McGarrett a pensare che il guidatore fosse un immigrato clandestino. Insieme a Danny, McGarrett decide di fare qualche domanda tra i lavoratori senza permesso di soggiorno. I due trovano il padre del guidatore. A quanto pare il figlio doveva fare una consegna remunerativa, ma non aveva la minima idea di cosa stesse trasportando. Nel frattempo, il coroner Max scopre sulla testa uno specifico isotopo radioattivo che indica che il paziente era affetto da cancro. Chin Ho decide allora di mettere da parte l'orgoglio e contatta la sua ex, un medico, nella speranza che possa se non identificare la vittima, fornire almeno qualche utile indizio...