McGarrett e Danny vengono convocati al Centro Allerta Tsunami perché il suo direttore, il massimo esperto in materia dell'isola, è scomparso. La situazione non potrebbe essere più critica. Il Centro è nel caos, ci sono numerosi dati che prospetterebbero un imminente tsunami e il capitano Mike Hale della Guardia Costiera attente ordini a riguardo. Chin Ho e Kono si recano immediatamente a casa dello scomparso. Dagli indizi intuiscono che l'uomo è stato rapito, probabilmente è ancora vivo. I due scoprono anche che il Direttore stava per inviare un messaggio, ma non riescono a decodificarlo. Nel frattempo, le forze di polizia entrano in azione per aiutare la popolazione a mettersi al sicuro.