Un bambino, durante una gita, viene ferito da due colpi di pistola. Le ricerche del colpevole portano la squadra a scoprire un bunker segreto appartenente alle spie giapponesi presenti alle Hawaii nel corso della Seconda Guerra Mondiale. Nel frattempo, Deb (la guest star Carol Burnett), la zia di McGarrett, arriva sull'isola in seguito alla morte del marito. L'uomo, infatti, ha chiesto che le sue ceneri venissero gettate nell'oceano. La donna desidera trascorrere del tempo con Steve, sua sorella Mary, e la di lei figlia adottiva per poter portare a termine la "lista dei desideri" che le ha consegnato in punto di morte il marito. La relazione tra Chin e l'ispettrice Abby Dunn (interpretata da Julie Benz), infine, evolve.