Con l'aiuto di due mutaforma, Newton si appresta a sfruttare un raro momento di sincronia tra i due universi per aprire un varco dimensionale e far arrivare un misterioso individuo, il signor Segretario. La Divisione Fringe non riesce a impedire l'evento e, dopo l'operazione, Peter capisce di non appartenere a questo mondo.