Lincoln si reca nell'altra realta' per uno scambio di informazioni su Jones e si trova a collaborare con la Divisione Fringe alternativa su un misterioso vigilante, che uccide malviventi. Lincoln e' convinto che si tratti di un mutaforma e la sua intuizione porta la Squadra a catturare Nina Sharp. Nell'operazione, il Colonnello Lee resta ucciso e, per la prima volta, Lincoln sembra aver trovato un posto dove stare...