Walter si rifiuta di aiutare Peter a tornare nella sua linea temporale riconfigurando la macchina. Cosi' il ragazzo si reca nell'altra dimensione per chiedere aiuto al Segretario Bishop. Lincoln lo accompagna, sperando di trovare prove sulla colpevolezza del Segretario riguardo i mutaforma umani. Ma Peter si trova di fronte un Segretario della Difesa ben diverso da quello che conosceva. "Walternativo" dimostra a Peter che lui stesso e' vittima di questi nuovi mutaforma, che si stanno infiltrando tra le piu' alte cariche del governo e gli chiede di portare un messaggio all'altra realta': il vero nemico e' un altro e rappresenta una minaccia per entrambi gli universi...