Nel liceo di Gubbio un ragazzo disabile è preso di mira da un gruppo di bulletti. Il "capetto" viene poi ritrovato privo di sensi, ferito alla nuca. Tutto fa pensare ad una vendetta. A don Matteo toccherà far luce su questo tragico "incidente" e portare a galla la verità. Nel frattempo, il Capitano Tommasi (Simone Montedoro) deve nascondere ad Amanda (Ilaria Spada) l'arrivo della sua ex a Gubbio.