Beckett e Castle indagano sull'omicidio di un uomo che ha denunciato le attività illecite di alte sfere governative. I due si scontrano con gli agenti della Homeland Security. L'episodio si apre proprio sulla vittima, Dale Tanner. L'uomo, fermo al lato di un'affollata strada newyorkese sembra aspettare qualcuno. Poi nota un'auto scura in lontananza e sale sulla sua macchina. Purtroppo c'è un'esplosione... Quando Beckett arriva sulla scena del crimine si vede intralciata da due agenti della Homeland Security (due agenti che a Castle ricordano molto J e K di "Man in black). La detective, inoltre, nota un'altra misteriosa figura sul posto. Un uomo di cui non conosce l'identità. La vedova di Tanner dichiara che il marito aveva rivelato molte informazioni su illeciti governativi tramite un sito web. Aveva un socio, un certo Omar. Sean, il figlio della vittima, è certo che l'omicidio del padre verrà coperto. La tesi complottista viene ulteriormente avallata quando si scopre che l'auto di Tanner è stata fatta saltare in aria da un missile sparato da un drone. C'è, però, anche un altro fattore da considerare. Tanner aveva una relazione e sua moglie, una volta scoperta, aveva già minacciato di morte l'altra donna... Castle e Beckett cominciano le indagini da Fort Drummond dove incontrano l'ufficiale a capo del progetto droni. I due ottengono zero risposte. Tutto è coperto da segreto militare. La trama si infittisce quando Beckett riconosce, nella stanza vicino, l'uomo misterioso già visto sulla scena del crimine...