La squadra del Jeffersonian si prodiga per prevenire la diffusione di un virus letale dopo che il corpo, infetto, di una donna viene ritrovato in un sito di smaltimento di rifiuti. Qualcuno ha intenzionalmente danneggiato la mandibola, di modo da impedire il riconoscimento tramite impronte dentali. Booth ipotizza che il killer abbia intenzione diffondere l'agente patogeno cercando di eliminare ogni indizio che potrebbe portare a una cura. L'abilità di Angela e di Temperance porta comunque i nostri all'identificazione della vittima: si tratta di Mia Garret. Interrogando Ben, il fidanzato di Mia, Sweets scopre che la vittima era una blogger e che stava svolgendo un'indagine sui laboratori ad alto rischio biologico. Quando la versione mutata del virus che ha ucciso Mia infetta Arastoo, per i nostri inizia una vera e propria lotta contro il tempo. L'unica oppurtunità per il team di salvarlo è risolvere il caso per trovare chi ha creato il virus e di conseguenza il suo antidoto.