Bones sta analizzando un cadavere trovato sotto un ponte quando un uomo le spara. La stessa sera viene uccisa anche una guardia del Jeffersonian... L'episodio, diversamente dal solito, non si apre con un ritrovamento, ma in laboratorio, dove Brennan e la squadra stanno lavorando sui resti di un corpo che sembra essere stato gettato da un ponte. Il cadavere presenta ancora molti tessuti molli e siccome ci vorranno ore per pulire le ossa, Bones decide di lasciare il laboratorio per tornarci la sera. La scena si sposta su Booth e Brennan impegnati in una discussione. Lui vorrebbe portare Christine in gita in campeggio, ma Temperance gli fa notare l'inutilità dell'idea, dato che la bambina è troppo piccola per poter ricordare qualcosa. La discussione degenera in un litigio e Brennan esce di casa per tornare al lavoro. La ritroviamo alle prese con le ossa della vittima e immersa in una conversazione con una guardia di sicurezza, Hal Bennett. Poi. improvvisamente, uno sparo. Temperance viene ferita, così come il sorvegliante. Fortunatamente per Bones non si tratta di un colpo letale, Hal, invece è meno fortunato. Così mentre l'antropologa si trova in ospedale, il resto della squadra, con Sweets e l'agente Sparling (la guest star Danielle Panabaker) cercano di capire chi abbia fatto fuoco e se ci sia qualche connessione con quanto accaduto alla vittima che, nel frattempo, è stata identificata: si tratta di Johannes Groot. Il caso si complica quando i dottori si accorgono che nè Brennan nè Hal hanno il foro di uscita del proiettile. Hodgins teorizza che l'aggressore possa aver usato proiettili di ghiaccio, ma, fino ad ora, tali pallottole non avevano mai dato risultati soddisfacenti. Quando Temperance ha una strana reazione dovuta a qualcosa nel sangue, Hodgins ha un'illuminazione: il killer ha usato sì proiettili di ghiaccio, ma realizzati con sangue. Intanto, l'analisi di Clark relativa al cranio di Hal, porta i nostri a un impiegato del Jeffersonian.