Due ragazzi ritrovano il cadavere di un poliziotto a Columbia Heights. Booth, impegnato in una cena di famiglia, si fa sostituire da Aubrey, sapendo che anche Hodgins e Cam saranno sulla scena del crimine per indagare. Durante i primi rilevamenti, il cadavere esplode, uccidendo numerosi agenti e ferendo gravemente Aubrey, mentre sia Cam che Hodgins sembrano essere rimasti miracolosamente illesi. Booth decide, allora, di assumere la direzione del caso e di mettersi immediatamente al lavoro assieme a tutta la squadra, a cui si e' unito inaspettatamente anche Vaziri, tornato al Jeffersonian per cercare di recuperare il rapporto con Cam. Per aiutare Booth nel difficile compito, Caroline convoca una profiler, Karen Delf, una giovane dalla personalita' esuberante, ma di grande esperienza. Durante le indagini, viene trovato anche un altro cadavere, ucciso dalla stessa mano dell'attentatore: presto si scopre che si tratta di una guardia giurata, e le indagini si indirizzano subito verso un uomo in forte conflitto con l'autorita'. Nonostante l'impegno, pero', tutto sembra risolversi in un buco nell'acqua, finche' Bones e Vaziri trovano le tracce di un altro assassino, complice sia negli omicidi che nell'esplosione. La soluzione del caso, a quel punto, sembra decisamente piu' a portata di mano... Purtroppo, una triste sorpresa attende Hodgins, Angela e tutti i loro amici...