Due campeggiatori trasportano una canoa sopra la testa mentre si fanno strada nei boschi. Improvvisamente, uno dei due inciampa in qualcosa. Qualcosa di disgustoso... Al Jeffersonian, Hodgins sta discutendo con Cam su questioni di budget, quando arriva la telefonata di Booth e Brennan: è richiesta la presenza di Hodgins su una scena del crimine. Sul posto, Booth cerca di sbrigare la questione in fretta: suo figlio Parker è di ritorno dall'Inghilterra e il detective vuole passare con lui più tempo possibile. Brennan dichiara che la vittima è un maschio. Dalle mosche, Hodgins stabilisce la morte a non più di tre giorni fa. Booth, soddisfatto, si prepara ad andarsene, ma Temperance insiste per trovare prima la testa della vittima (ovviamente non è più attaccata al corpo). Mentre Bones e Hodgins seguono il corso del fiume scendendo un pendio tra i boschi, Booth si fa sempre più impaziente e finisce per fare un bel capitombolo! L'orgoglio è a pezzi, ma il caso ci guadagna, visto che Booth trova il teschio mancante! E ora di corsa all'aeroporto a prendere Parker. Booth è super eccitato per il ritorno del figlio. Parker sembra apprezzare la sua nuova stanza e anche andare d'accordo con la sua sorellina. Booth vorrebbe passare delle ore con lui, ma Parker, menzionando il jet lag, preferisce riposarsi un po'. Booth abbozza, ma ci rimane un po' male. Al laboratorio, Brennan, Cam e Clark esaminano i resti. La vittima era tra i 26 e i 36 anni. I tre notano una ferita nella spina dorsale. Una coltellata? Intanto, mentre Hodgins si lamenta perché costretto a restituire i suoi costosi "giocattoli", Angela riesce a terminare la ricostruzione facciale: la vittima, ora, ha un nome, Tony Cole, la cui moglie ha denunciato la scomparsa.