Il reverendo Bill Summers sta inaugurando il sito in cui in futuro sorgerà una nuova chiesa quando uno stormo di gabbiani, di colore blu brillante, cominciano a cadere dal cielo insieme ad un frammento di scheletro umano e un globo oculare. Booth e Brennan (quest’ultima alle prese con le classiche ossessioni post parto, fisico cambiato non ho niente da mettere che mi stia bene!) raggiungono Cam e Hodgins che si trovano sul posto per i primi rilievi. I campioni evidenziano la presenza massiccia di elementi chimici che dovrebbero spiegare perché i gabbiani siano diventati blu. Brennan deduce dal frammento che la vittima è un uomo intorno ai 30 anni, morto da due settimane. Tornati in laboratorio la squadra si mette al lavoro e Angela riesce a scoprire, grazie alla ricostruzione facciale, che la vittima è Santiago Valmont, un parrucchiere di lusso. All’FBI Booth e Sweets interrogano le tre donne, Andi, Candace e Julie, che, in precedenza, avevano denunciato la scomparsa della vittima, ognuna di loro aveva una relazione speciale con l’uomo. Booth e Brennan si recano al salone Tabitha Miller di cui Santiago era il miglior professionista. Sul posto incontrano Theo, il ragazzo dello shampoo, che dimostra di essere scosso dalla morte di Santiago e risponde alle domande coinvolgendo un altro stilista che apre il cassetto della vittima. Dentro si trova l’agenda degli appuntamenti e una busta contenente mille dollari con un messaggio…