Tom, impiegato delle poste, mostra a Ronald, un nuovo arrivato, il Mail Recovery Center, meglio noto come il "deposito delle lettere morte", la sezione dove vengono archiviate tutte le spedizioni non andate a buon fine. Tom e Ronald cominciano ad aprire dei pacchi. Ci sono tre regole spiega il più anziano: gli oggetti di poca rilevanza si buttano, i preziosi vanno all'asta, quelli via di mezzo... può capitare che finiscano nella tasca di qualcuno. Non è poi rubare, no? Roland trova dentro alla sua scatola una quarta opzione: una sostanza gelatinosa rossa che avvolge un bel teschio. Ronald ne è discustato. Tom dichiara di essere pronto per la pensione! Nel frattempo, alla tavola calda, Booth e Brennan continuano la ricerca della casa (lei ne sta valutando una, di 30 milioni di dollari, in Costa Rica...), quando arriva il nonno del detective. Cattive notizie, il padre di Booth è morto, stroncato da un'insufficienza epatica. Booth non sembra particolarmente colpito. Anzi. Appena riceve la telefonata riguardo al ritrovamento del teschio, si alza pronto a entrare in azione. Brennan promette a Pops che terrà d'occhio il nipote. Giunte sulla scena del crimine, Cam e Brennan si trovano ad esaminare sei scatole, ognuna contenente parti di un corpo umano. Bones riesce a determinare che la vittima era un ragazzo, sulla ventina. Quando Booth le raggiunge, Brennan si lascia sfuggire con Cam della morte del padre. Booth non è certo entusiasta di questa invasione della sua privacy. Al laboratorio, Cam e Clark valutano come separare i resti del corpo dal cartone senza danneggiarli. Hodgins propone di usare un laser. Forse esagerato, ma sicuramente divertente. Intanto, l'agente Shaw ragguaglia Booth su quanto scoperto. L'indirizzo apposto sui pacchi non esiste e anche quello del mittente è falso...