Lo scontro tra Pelant e la squadra, che ha caratterizzato le ultime stagioni, giunge alla sua conclusione. Cosa ne sarà del folle assassino? La puntata si apre al laboratorio, dove Sweets, Caroline e gli altri membri del team del Jeffersonian stanno lavorando a una trappola per attirare Pelant (Andrew Leeds). "Piatto" forte del piano è un cadavere. Booth chiede l'assistenza dell'agente Flynn (la guest star Reed Diamond) e Brennan lo istruisce su come disporre il corpo affinché il narcisismo di Pelant venga solleticato a dovere. Il piano, purtroppo, si rivolta loro contro. Quando i nostri vengono chiamati sulla scena del crimine, Hodgins nota immediatamente un fiore deposto sul cadavere. Booth e Brennan capiscono subito che Pelant è stato lì. E ha lasciato loro un "regalo": il cadavere appartiene all'agente Flynn. Per i nostri è un duro colpo. Il senso di colpa è devastante. Certo Pelant ha effettivamente commesso l'omicidio, ma è stato il loro piano a portarlo a quel gesto. Sono, in definitiva, coresponsabili della morte di un uomo. Ma i sensi di colpa sembrano diminuire quando, alcuni indizi, fanno pensare a un volta faccia di Flynn...