Bones e Booth vengono chiamati in Maryland perché nello spegnere un incendio, i vigili del fuoco scoprono uno scheletro nell’armadio. Al suo arrivo, però, Bones si accorge che lo scheletro nell’armadio è molto antico e che poco lontano ce n’è un altro, molto più recente. In laboratorio scopriranno che il primo scheletro risale a qualche secolo fa, mentre il secondo ad una certa Cheri Byrd, una ragazza convinta di essere una strega. Sweets, esperto del Processo alle Streghe di Salem, è molto attratto dal caso e aiuterà Booth e Bones a fare luce su questa strana storia. Infatti scoprirà che lo scheletro risale al 1692 e che appartiene ad una donna torturata e uccisa durante il famoso Processo. Inoltre indicherà ai due investigatori dove recarsi per parlare con un altro gruppo di streghe bianche! Nel frattempo, Angela e Hodgins, di ritorno dal sopralluogo sulla scena del crimine, vengono arrestati per guida pericolosa e sono bloccati in cella in attesa del giudice. La loro permanenza in carcere, però, li aiuterà a pensare e a chiarirsi le idee. Le loro vite cambieranno radicalmente.