La puntata si apre sul cecchino Jacob Broadsky (la guest star Arnold Vosloo) mentre si trova in compagnia di un collega, Matt Leishenger. Leishenger dice a Jacob che l'F.B.I. l'ha messo in guardia su di lui, ma Matt sostiene di non credere che Broadsky abbia realmente compiuto gli omicidi di cui è accusato. Matt crede che Broadsky stia lavorando per conto della CIA e che l'F.B.I. semplicemente non approvi la missione assegnatagli. Nel frattempo, alla tavola calda, Booth dice a Brennan e Sweets che sta facendo tutto quanto in suo potere per catturare Broadsky. I tre vengono interrotti da Vincent che irrompe con una notizia, anzi LA NOTIZIA: è arrivata la riproduzione dello scheletro di un Tyrannosaurus rex che stavano attendendo. Brennan è al settimo cielo. Ma, mentre lei e Vincent si beano dell'imminente conferenza cui parteciperanno, i volti di Booth e Sweets non lasciano presagire nulla di buono. Il detective ha appena ricevuto un messaggio: Broadsky è stato visto mentre deponeva dei fiori sulla tomba di Paula Ashwaldt. Booth si precipita al cimitero dove incontra l'agente speciale Genny Shaw che lo ragguaglia. Sealy si avvicina alla tomba e il mazzo di fiori comincia a "suonare". Dentro c'è un telefono. Booth risponde. E' Broadsky. L'uomo non apprezza che loro siano lì, sulla tomba di Paula. E' evidente che Jacob sia ancora convinto di essere nel giusto. Poi il cecchino saluta Booth con una minaccia...